故事以前作《科學(xué)小飛俠Crowds》的后續(xù)劇情展開(kāi)。距離“立川事件”已經(jīng)過(guò)了一年，當(dāng)初貝爾庫(kù)·卡切賦予爾乃美家累的力量“CROWDS”在日本首相菅山的推廣之下已在人類社會(huì)當(dāng)中廣泛普及。然而仍然存在著對(duì)此感到不滿的人們，此時(shí)菅山遭到不明人士的襲擊，GATCHAMAN的全新戰(zhàn)斗就此揭開(kāi)序幕。
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